承担水路运输及运输服务市场、港口装卸搬运市场行业管理指导的事务性工作；承担水路运输和港口市场监测、运行分析及行业信用管理等事务性工作；负责推进水路运输结构调整、港航物流发展等事务性工作；按规定承担水路运输经营许可、资质核查、港口岸线使用初审和危险货物港口建设项目安全条件审查等技术性、事务性工作；承担港口码头污染防治和审核的事务性工作。负责协调重点物资、紧急客货和军事战备水路运输，协助组织防汛抢险等工作。