抗日战争时期，存在着两个关系中华民族命运的矛盾。一个是民族矛盾，关系到中国存亡的问题；一个是阶级矛盾，关系到能否将全民族抗战坚持到底并在战后建设新中国的问题。中国共产党妥善处理这两种矛盾，既同国民党顽固派进行了有理有利有节的斗争，又坚持和维护了抗日民族统一战线，确保全民族抗日战争朝着正确方向发展。
1939年冬至1940年春，国民党顽固派掀起第一次反共高潮，中国共产党给予坚决回击，并在总结反摩擦斗争经验的基础上，为了坚持、巩固和扩大抗日民族统一战线，制定了“发展进步势力，争取中间势力，孤立顽固势力”的策略方针，以及“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人”的自卫立场和“有理、有利、有节”的原则。
1941年1月，国民党顽固派制造震惊中外的皖南事变。
新四军军部及所属皖南部队9000余人，在遵照国民党军事当局的命令向北转移途中遭到国民党军8万余人的伏击和围攻，除2000余人突围外，一部被打散，大部壮烈牺牲或被俘，军长叶挺在同国民党军进行谈判时被扣押，副军长项英在突围过程中遇害。事变发生后，蒋介石竟诬称新四军“叛变”，宣布取消其番号。
面对严重形势，中国共产党仍然以抗日的大局为重，在军事上严守自卫，在政治上坚决反击。中央军委于1941年1月20日发布重建新四军军部的命令，陈毅任代军长，刘少奇任政治委员。同时，党中央公布大量事实，揭露国民党破坏抗战的阴谋，并提出惩办祸首、释放叶挺、废止国民党一党专政等12条解决皖南事变的办法。《新华日报》冲破国民党的新闻检查，刊出周恩来两条题词手迹：“为江南死国难者志哀”和“千古奇冤，江南一叶；同室操戈，相煎何急？！”在重庆和整个国民党统治区引起了很大反响。中国共产党以民族大义为重的鲜明立场，得到全国人民、中间势力、国民党内正义人士以及国际舆论的普遍同情和支持。宋庆龄、何香凝等在香港发起抗议运动；华侨领袖陈嘉庚致电国民参政会，呼吁团结，反对蒋介石倒行逆施。1941年3月，蒋介石迫于压力公开“保证”决不再有“剿共”的军事行动。至此，国民党顽固派第二次反共高潮被击退。
1943年春，蒋介石署名出版反共反人民的《中国之命运》一书，暗示在两年内要消灭共产党和一切革命力量。接着，国民党顽固派又以当年5月共产国际宣布解散为由，要求“解散共产党”“取消陕甘宁边区”，并密令重兵驻守西北的胡宗南部准备向陕甘宁边区进攻。对此，党中央在军事上进行必要部署，并采取一系列政治上强有力的反击措施，使国民党第三次反共高潮尚未发展成大规模武装进攻就被制止了。
中国共产党坚持抗战、团结、进步的方针，连续打退或制止国民党顽固派三次反共高潮，这表明党已有了能够驾驭复杂局面的成熟的领导集体，既不在突然事变前惊慌失措、一味妥协让步，也不采取冒险行动，给破坏团结抗日的势力以借口。许多中间人士也由此看清共产党确实是以民族利益为重，而不是只顾一党一派利益。党在全国的政治地位空前提高，更加证明它是团结全民族坚持抗战的柱石。